Kokoomuksen puoluekokouksessa Alexander Stubb syrjäytettiin ja hänen paikkansa ottaa Petteri Orpo. Stubbilla oli hyvät välit hlbti-aktiiveihin.
Kun Alexander Stubb oli europarlamentaarikkona Brysselissä, hän kutsui suomalaisten homo-, lesbo- ja transaktivistien ryhmän vierailulle Brysseliin tutustumaan parlamenttityöhön. Mahdollisesti varovaisuus- tai imagosyistä koskaan ei esim. Setan tai Ranneliikkeen uutisoinnissa ole kerrrottu tästä käynnistä.
Stubb toimi meppiaikanaan Euroopan parlamentin hlbti-asioita seuraavan "intergroupin" varapuheenjohtajana. Intergroupissa on jäseniä eri parlamenttiryhmistä. Intergroup seurasi aktiivisesti eri maiden hlbti-tilannetta ja antoi moitteita mm. Varsovaan. Stubbin paikan varapuheenjohtajana otti vuonna 2008 Sirpa Pietikäinen, kun Stubb palasi Suomeen.
Vuonna 2010 Stubb oli Helsinki Priden suojelija. Avajaispuheessaan hän muistutti, että jo europarlamentikkona hänelle oli tärkeä tämä liberaalin arvomaailman ihmisoikeuskysymys. Vuonna 2010 oli päästy niin pitkälle, että priden suojelijana oli kokoomuslainen ulkoministeri Stubb ja priden avaajana kokoomuslainen pormestari Pajunen.
Ulkoministerinä hän joillakin vierailuillaan osti esiin hlbti-ihmisten oikeudet, esim. 2010 Moldovan vierailullaan.
Kokoomuksen puheenjohtajaksi Stubb valittiin kesäkuussa 2014. Avioliittolain käsittelyn aikaan syksyllä 2014 Stubb vetosi kokoomuslaisiin kansanedustajiin ja luultavasti vaikutti siihen, että osa kansanedustajista vaihtoi vastustajien ryhmästä kannattajien ryhmään.
Toukokuussa 2015 käytiin Smolnassa laajat hallitusneuvottelut. Päivittäin Smolnan edustalla oli erilaisia eturyhmiä muistuttamassa, että heidänkin vaatimuksensa huomioidaan. Kun setalaiset olivat paikalla parin muun ryhmän ohella, Stubb saapui Smolnaan. Hän tervehti hymyillen setalaisten ryhmää, ei muita.
