HI-viruksella on elimistössä monia piilopaikkoja: luuydin, kivekset, aivot ja jopa silmät. Virus voi luurailla näissä paikoissa ja odotella, milloin lääkehoito keskeytyy. Silloin virus allkaa uudelleen levitä. Elinikäiselle lääkehoidolle ei siis ole tulossa loppua.
Michiganin yliopiston tutkijat ovat huomanneet, että jotkut HI-viruksen muodot voivat hyvin piileskellä mm. luuytimessä ja ne kestävät nykyistä lääkehoitoa. Latentisti tartuttavia soluja on tietetty olevan kiveksissä , silmissä ja aivoissa, mutta viime aikoihin asti on ajateltu, että luuydin on virukselle resistenttiä aluetta. Kun lääkitys keskeytyy, virukset alkavat lisääntyä ja aiheuttavat potilaalle uuden infektion.
Tehokkaiden lääkkeiden kehittämiseksi on viime aikoina keskitytty näihin latentisti infektoiviin soluihin. Ne ovat valitettavasti hyvin pitkäikäisiä soluja. Kathleen Collins Michiganin yliopistosta sanoo, että nykyiset lääkkeet vain vaimentavat virusta, mutta sitä ei saada kokonaan pois.
Tehokkaan lääkkeen aikaansaaminen on hankalaa viruksen suuren muuntautumiskyvyn vuoksi. Turvaseksi on edelleen paras tapa pysyä erossa HIV-tartunnalta.