Parin viikon ajan lehdissä on ollut spekulaatioita Orlandon verilöylyn tekijän homoudesta. On mm. haastateltu hänen "entistä rakastajaansa". FBI torjuu nämä huhut. Mitään todisteita ei ole löytynyt.
Amerikkalainen espanjankielinen tv-kanava Univision haastatteli miestä, joka kertoo olleensa joukkosurmaajan, Omar Mateenin, ystävä ja ex-rakastaja. Miguel-niminen mies ei näyttänyt kasvojaan, vaan hänellä oli naamio. Hän kertoi pari kuukautta kestäneestä suhteesta. Seksiä oli harrastettu parikymmentä kertaa eräässä hotellissa. Miguelin mukaan Omar Mateen vihasi puertoricolaisia homoja, koska hänellä oli ollut seksisuhde puertoricolaiseen, ja myöhemmin paljastui, että tällä oli HIV. Orlandolaisessa yökerhossa oli paljon "latinoja", ja verilöyly johtui vihasta.
Lehdissä on laajemminkin pohdittu verilöylyn motiiveja. Kolme vaihtoehtoa on tullut esiin: hän oli solidaarinen ISISille, hän vihasi homoja tai oli psyykkisestsi sairas. Monet haastatellut olivat nähneet murhaajan yökerhossa edellisten viikkojen aikana. FBI on vahvistanut ainoastaan sen, että murhaaja kävi yökerhossa samana iltana ennen surmatöitä ja poistui. Siitä ollaan yksimielisiä, että murhaajan isä oli hyvin homofobinen. Mahdollisesti pojalla oli asian kanssa ongelmia.
FBI on torjunut väitteet Omar Mateenin homoudesta. Mitään todistseita ei ole löytynyt. LA Times -lehden mukaan ei ole löytynyt valokuvia, ei tekstiviestejä, ei pornoa, ei puhelimen homokontaktiaplikaatioita. Miehen menneisyyden tutkinta jatkuu. Hänellä on takanaan kaksi avioliittoa. Verilöylyä edeltävänä päivänä hän oli ostanut lentolipun San Franciscoon, jossa hänen entinen vaimonsa ja 3-vuotias lapsi asuvat. FBI ei usko "ex-rakastajan" tarinaa ja muutkin todisteet ovat hataria. Henkilöstä on erehdytty. Omar Mateenin puhelu hätäkeskukseen on totta. FBI on julkaisssut puhelun sisällön kokonaisuudessaan. Puhelussa Mateen vakuuttaa uskollisuuttaan ISISin jihadistijohtajalle Abu Bakr al-Baghdadille.