Caravaggion seksuaalisuudesta on taidehistorian saralla käyty paljon keskustelua. Vaikka Caravaggio käytti usein poikia ja nuoria miehiä malleina allegorisissa maalauksissa (ko. maalaukset eivät siis ole varsinaisesti muotokuvia) kuten "Amor vincit omnia" (http://englishmaninberlin.files.wordpress.com/2009/11/caravaggio_amor_berlin.jpg) tai "Bacchus" (http://www.csus.edu/indiv/c/craftg/graphics/bacchus.jpg), vain Caravaggion naisseikkailuista on jäänyt kirjallisia lähteitä. Jotkut tutkijat ovat ehdottaneet, että nuorten miespuolisten prostituoitujen (joita Caravaggion mallit luultavasti ovat) käyttö oli yleistä, eikä sitä näin ollen olisi pidetty erikoisena. Toisaalta Michelangeloa, joka syntyi 98 vuotta aikaisemmin, syytettiin julkisesti homoudesta ja pederastiasta.
Nykyään taidehistorian piirissä ollaan yleisesti sitä mieltä, että ko. nuoria alastomia miehiä sisältävät maalaukset ovat allegorioita, ja esim "Bacchuksen" ajatellaan olevan varoittava esimerkki "hekumallisuudesta". Myös maalausten tilaajien ajatellaan vaikuttaneen mallien valintaan.
Nykyään taidehistorian piirissä ollaan yleisesti sitä mieltä, että ko. nuoria alastomia miehiä sisältävät maalaukset ovat allegorioita, ja esim "Bacchuksen" ajatellaan olevan varoittava esimerkki "hekumallisuudesta". Myös maalausten tilaajien ajatellaan vaikuttaneen mallien valintaan.